В одной из темных ночей, когда мир погружается в тишину, в дом Шэгги Роджерса неожиданно врывается его новый пушистый друг, Скуби-Ду. С самого первого мгновения между ними завязывается крепкая дружба, основанная на взаимопонимании и восхитительных приключениях. Утром, полный энтузиазма, Шэгги представляет Скуби своим друзьям, и вместе они принимают решение основать Корпорацию «Тайна», чтобы заниматься разгадкой неразгаданных загадок. Как только команда объединяется, они начинают проявлять интерес к сверхъестественным явлениям, и вскоре обращают внимание на таинственные события, происходящие в их колледже. Слухи о призраках и загадочных происшествиях уже давно распространились среди студентов, и команда решает, что это будет их следующим делом. Тем самым, ребята делают важный шаг к раскрытию этой загадки, не подозревая, какие испытания их ждут впереди. С исключением из колледжа как предвестником неуверенности, герои не сдаются и решают взять расследование в свои руки. Каждый из них вносит свой вклад в дело: у Шэгги и Скуби, несмотря на их склонность к страху, есть уникальная способность раскрывать тайны; Фред проявляет лидерские качества и умение находить выход из сложных ситуаций; Дафна — творческое вдохновение, которое помогает видеть вещи под новым углом; а Велма использует свой острый ум и аналитические способности для того, чтобы собрать все кусочки головоломки. В ходе своих приключений команда сталкивается с множеством ловушек и загадок, которые открывают невероятные тайны, о которых они даже не подозревали. Постепенно они начинают понимать, что истинная сила их команды — это не только умение распутывать тайны, но и крепкая дружба, которая связывает их вместе. Скуби и его новые друзья преобразуют свои страхи в смелость, и в конечном итоге им удается разгадать тайну, стоящую за призраками, используя не только свои таланты, но и смекалку. Таким образом, «Скуби-Ду 3: Тайна начинается» является захватывающей историей о дружбе, приключениях и смелости в столкновении с неизвестным, оставляя зрителя в ожидании новых загадок и открытий.