В 2015 году семнадцатилетний Камина Аято завершает свое школьное обучение в Токио, оставаясь под опекой только своей постоянно занятой матери. Два года назад мир был потрясён катастрофическим нападением незнакомых захватчиков, в результате чего большая часть человечества была стерта с лица земли. В сохранении осталась лишь небольшая территория, сосредоточенная вокруг Токио, и покинуть её стало невозможно. Суровая реальность такова, что по данным, озвученным в школе, сейчас на планете всего лишь 23 миллиона человек. Обычный день для Аято трансформируется в настоящий кошмар, когда на пути в учебное заведение он становится свидетелем атаки врага. Военные силы самообороны пытаются отразить нападение, используя не только привычную военную технику, но и таинственное, никогда ранее не виданное оружие. Это оружие принимает форму гигантских существ, схожих с роботами, известными как долемы. Эти нападающие создания внушают страх и ужас, сложные механизмы которых резко контрастируют с привычной реальностью Аято. На фоне этого хаоса юноша оказывается втянутым в конфликты, которые ставят под сомнение всё, что он знал о мире. Под давлением новых обстоятельств ему предстоит не только выжить, но и разобраться в сложных отношениях с окружением, которое включает в себя как друзей, так и врагов. Каждую минуту ему приходится выбирать между собственными интересами и общими целями, что делает его внутреннюю борьбу столь же интенсивной, как и сражения на полях боя. "Ра-Зефон" рассказывает о столкновении человечности и технологий, о борьбе за выживание в условиях глобального кризиса. Будущее, которое когда-то казалось обнадёживающим, теперь завуалировано тайнами и угрозами. Аято проходит через сознательную трансформацию, шаг за шагом открывая для себя темные стороны существования и принимая новые вызовы, которые ожидают его как в школе, так и вне её стен.