Шестнадцатилетний Наруми Фудзисима, часто меняя школы, стал тихим и замкнутым парнем, которого трудно заметить даже в самый разгар конфликта. Однако все меняется, когда одноклассница Аяка Синодзаки вовлекает его в клуб цветоводства. Аяка оказывается не такой, как кажется: она полна энергии и жизни. Приняв Наруми под свое крыло, она знакомит его с местной раменной Мин, излюбленным местом молодежи, где на третьем этаже обитает Алиса. Эта загадочная девочка, выглядящая на 12-13 лет, почти никогда не покидает своей комнаты, окруженной плюшевыми мишками и множеством экранов, и она оказывается настоящим детективом-хикикомори. Хотя у Алисы нет ничего общего с классической моделью детективного бюро, ее укромное пространство становится местом сбора команды непонятых парней, которые отказываются подчиняться лицемерию общества. Примкнув к этой группе, Наруми вскоре осознает, что жизнь на улицах, в так называемой "серой зоне", полна жестокости и безжалостности, но в то же время она более открыта и человечна, чем все, что он когда-либо знал. Это дикая реальность, где понятия о справедливости и верховенстве закона записаны самим Богом. Алиса и ее команда лишь помогают воплотить эти нормы в жизнь, занимаясь расследованием необычных дел и распутыванием сложных ситуаций. Наруми, постепенно погружаясь в эту новую реальность, начинает открывать для себя свои способности и настоящие чувства, понимая, что эти люди дают ему возможность быть собой, не скрываясь за маской молчаливого невидимки. Он осознает, что в этом мире, полном опасностей и рискованных решений, существуют истинные друзья и важные связи, которые способны изменить его жизнь навсегда. "Блокнот Бога" становится не только захватывающим детективным путешествием, но и исследованием человеческой природы, дружбы и поиска своего места в мире, полном contradictions.