В недалеком будущем, спустя три века после разрушительной Великой войны, доктор Идо находит в废物 в городе зловещие останки киборга, заметив, что они принадлежат женщине. После его старательного ремонта, киборг приходит в себя, но мир для неё остается пустым и непонятным. Она не помнит своего прошлого, однако вскоре осознает, что обладает невероятными боевыми навыками, которые неожиданно приходят к ней в трудные моменты. Пытаясь разобраться в том, кто она есть на самом деле, героиня, получившая имя Алита, начинает исследовать окрестности и знакомиться с окружающим ее миром. Каждый новый шаг Алиты проводит её через различные уровни социальной иерархии, где царит неравенство и борьба за выживание. Она обнаруживает, что на дне большого механизированного города, где ей приходится обитать, кипит жизнь людей, мечтающих о лучшем будущем. Алита стремится понять, откуда у неё эти невероятные навыки и каким образом она оказывается вовлеченной в жестокие сражения. Параллельно с этим, она встречает новых друзей, которые становятся ей опорой, и влюбляется в молодого человека, что только усложняет её стремление разобраться в прошлом. Но вскоре ей становится ясно, что ее потаенные воспоминания могут быть ключом к разгадке её истинной сущности. Столкнувшись с темными силами, которые угрожают всем её близким, Алита погружается в мир жестоких боёв, которые становятся не только испытанием её навыков, но и проверки её человечности. Её стремление узнать правду о себе, раскрыв тайны своего прошлого, становится основной движущей силой. В этом поиске ей предстоит не только сразиться с врагами, но и осознать, что на самом деле значит быть человеком в мире, где технологии и человеческие чувства смешиваются в непредсказуемом танце. Это история о самопознании и стремлении к свободе, о поисках любви и борьбы за право быть истинной собой.